NVIDIA·구글 딥마인드, 바이러스 단백질 구조 2800종 공개
요약
NVIDIA가 Google DeepMind, EMBL-EBI 등 국제 연구기관들과 함께 2,800종 이상 바이러스의 단백질 복합체 3D 예측 구조를 알파폴드 데이터베이스(AlphaFold Database)에 공개했다. 이 구조는 Google DeepMind의 AlphaFold2를 NVIDIA BioNeMo 추론 런타임으로 최적화해 대량 예측한 것이며, NVIDIA는 이 작업에 쓰인 GPU 가속 워크플로 BioNeMo Structure Prediction Pipeline도 함께 공개해 다른 연구자들도 자신의 단백질 서열을 구조 예측에 활용할 수 있게 했다. 새로 추가된 단백질 상호작용의 약 30%는 기존 단백질 데이터뱅크(PDB)에 없던 새로운 형태다. 이번 발표는 뉴욕에서 열린 유엔총회 팬데믹 대비 관련 회의 기간에 맞춰 이뤄졌으며, 코로나19 대유행처럼 사전 지식 없이 새 바이러스가 출현할 경우를 대비한 것이라고 프로젝트 참여 연구자들은 설명했다.
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이 일이 어디서 왔나
AlphaFold는 2020년 구조생물학의 오랜 난제였던 단백질 구조 예측을 사실상 해결한 것으로 평가받으며 이후 DeepMind와 EMBL-EBI가 알파폴드 데이터베이스를 통해 예측 구조를 공개해 왔다. 이번 발표는 뉴욕 유엔총회 기간 중 팬데믹 대비 논의와 맞물려 나왔으며, NVIDIA는 자사 BioNeMo 플랫폼을 신약 개발과 생명과학 분야의 GPU 인프라 사업으로 확장해 온 흐름의 연장선에 있다.
짚어야 할 점
- 이번 공개의 핵심은 개별 구조 데이터뿐 아니라 대량 예측에 쓰인 BioNeMo Structure Prediction Pipeline 자체를 공개했다는 점으로, 다른 연구기관이 직접 서열을 입력해 구조를 예측할 수 있는 도구가 열렸다.
- 새 상호작용의 약 30%가 기존 PDB에 없던 형태라는 점은 실험으로 아직 규명되지 않은 바이러스 단백질 결합 구조가 상당수 존재했음을 보여준다.
- 발표 시점을 유엔총회 팬데믹 대비 회의에 맞춘 것은 코로나19 대유행 초기처럼 미지의 바이러스에 대한 구조 정보가 부재했던 상황을 되풀이하지 않으려는 목적을 강조하려는 의도로 읽힌다.
아직 확인되지 않은 것
- 예측된 구조가 실제 실험(X선 결정학, 냉동전자현미경 등)으로 어느 정도 검증됐는지는 이번 자료에 나오지 않았다.
- 2,800종의 바이러스가 어떤 기준으로 선정됐고 사람에게 위협적인 바이러스가 얼마나 포함됐는지는 확인되지 않았다.
- 이 데이터베이스가 실제 백신·치료제 개발에 어떻게 쓰일 수 있는지 구체적 활용 사례는 제시되지 않았다.
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